La première Junior-Entreprise a été créée à l’initiative de l’ESSEC en 1967.
Le développement rapide du concept de Junior-Entreprise a nécessité la création de la CNJE en 1969.
Elle fonctionne comme une association loi 1901, avec un bureau exécutif basé à Paris, constitué d’anciens membres de Junior-Entreprises.
Celui-ci est chargé de promouvoir et défendre la marque Junior-Entreprise, mais aussi de coordonner, d’animer et de former le mouvement.
Afin de garantir la cohésion du mouvement sur tout le territoire, deux animateurs gèrent à temps plein les huit régions de la CNJE. Ils sont un véritable relais entre les Junior-Entreprises et la CNJE.
La CNJE organise quatre congrès annuels.
Ces manifestations ont pour objectif de former les équipes ainsi que d'échanger entre les différentes structures.
Deux congrès sont organisés dans les régions et les deux autres regroupent l'ensemble des structures de France, ce sont les congrès nationaux.